Zgodnie z regulacją zawartą zarówno w ustawie o CIT jak i PIT, za koszty kwalifikowane uznaje się ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi równorzędne, a także nabycie wyników badań naukowych, świadczonych lub wykonywanych na podstawie umowy przez jednostkę naukową na potrzeby prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej.
Odnosząc się do powyższych przepisów organ stwierdził, że użyty przez ustawodawcę wyraz „także” jest synonimem wyrazów: „również”, „i”, „też”. Tym samym, koszty kwalifikowane nie obejmują wydatków na zakup ekspertyz, opinii czy usług doradczych świadczonych lub wykonywanych przez podmioty inne niż jednostki naukowe. Należy zwrócić uwagę, że w pierwszych interpretacjach organy zajmowały stanowisko przeciwne (korzystne dla podatników). Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji z 22 czerwca 2016 r. IBPB-1-2/4510-468/16/KP oraz z 12 lipca 2016 r. IBPB-1-2/4510-639/16/KP wskazał, że wymóg posiadania statusu jednostki naukowej dotyczy jedynie badań naukowych i nie obejmuje ekspertyz, opinii oraz usług doradczych. Niestety w późniejszych interpretacjach Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach zmienił swoje stanowisko powielając argumentację izby warszawskiej (interpretacja z dnia 21 listopada 2016 r. (2461-IBPB-1-2.4510.924.2016.1.BG) oraz z 16 grudnia 2016 r. (2461-IBPB-1-2.4510.850.2016.2.MS).
Wskazane powyżej wątpliwości interpretacyjne nie zostały wyjaśnione przy okazji uchwalania tzw. małej ustawy o innowacyjności. Należy ubolewać, że autorzy ustawy skupili się jedynie na jej promocji a nie tworzeniu przejrzystych regulacji, faktycznie wspierających działalność badawczo-rozwojową.