Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji indywidualnej z dnia 23 kwietnia 2015 roku (sygnatura: IBPP3/4512-64/15/KG) stwierdził, że uczelnia ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z przeprowadzeniem badań naukowych na rzecz lidera konsorcjum w ramach zadań określonych w umowie konsorcjum.
W rozpatrywanym stanie faktycznym uczelnia (wnioskodawca) wchodzi w skład konsorcjum realizującego projekt na podstawie umowy zawartej z NCBiR. Koszty realizacji projektu pokrywane są prawie w całości z uzyskanego przez konsorcjum dofinansowania. Środki są przekazywane na konto lidera konsorcjum oraz za jego pośrednictwem pozostałym członkom konsorcjum w formie zaliczek. Uczelnia realizuje dwa zadania w ramach badań podstawowych, których dofinansowanie wynosiło 100% kosztów kwalifikowanych. Wyniki badań są przekazywane nieodpłatnie liderowi oraz wykorzystywane w niekomercyjnej działalności badawczej i dydaktycznej.
Wątpliwości uczelni dotyczyły możliwości odliczenia podatku VAT naliczonego w związku z zakupem materiałów i usług niezbędnych do realizacji projektu finansowanego przez NCBiR. W ocenie uczelni nie przysługuje jej prawo zarówno do pełnego jak i częściowego odliczenia podatku VAT. Uczelnia wskazała, że wyniki badawcze będą wykorzystywane w innych projektach finansowanych ze środków budżetowych i będą dostępne nieodpłatnie. Komercyjne wdrożenie wyników badań na tym etapie jest mało prawdopodobne.
Dyrektor Izby Skarbowej uznał stanowisko uczelni za nieprawidłowe. W jego ocenie środki otrzymane przez uczelnię na realizację projektu będą w istocie stanowiły należności za świadczone usługi. W związku z tym wykonanie przez uczelnię badań i przekazanie ich wyników liderowi konsorcjum należy uznać za podlegające opodatkowaniu świadczenie usług. Jednocześnie organ wskazał, że w rozpatrywanym przypadku nie zachodzą jakiekolwiek przesłanki do zastosowania zwolnienia z podatku VAT.
Tym samym wobec uznania badań za podlegające opodatkowaniu, uczelni przysługuje w całości prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.