Kosztem kwalifikowanym uprawniającym do skorzystania z ulgi na działalność badawczo-rozwojową są odpisy amortyzacyjne dokonywane od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej. Możliwość uznania odpisów amortyzacyjnych za koszty kwalifikowane ustawodawca uzależnił jednak od łącznego spełniania następujących warunków:

- odpisy są dokonywane od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej,

- odpisy są zaliczane do kosztów uzyskania przychodów,

- są dokonywane w danym roku podatkowym,

- nie są odpisami amortyzacyjnymi od samochodów osobowych bądź budowli, budynków lub lokali będących odrębną własnością.

Ustawodawca nie wprowadził ograniczeń w zakresie możliwości uznania za koszty kwalifikowane wyłącznie odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych, które zostały nabyte na potrzeby prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej lub też, które są wykorzystywane wyłącznie w takiej działalności. Tym samym mogą one zostać nabyte przez podatnika niezależnie od prowadzonej działalności badawczo – rozwojowej. W tym również przed powzięciem zamiaru jej prowadzenia.

Ustawodawca nie wskazał jednak, jak skorzystać z odliczenia w przypadku gdy środki trwałe lub wartości niematerialne są wykorzystywane w działalności badawczo-rozwojowej jedynie częściowo i czy w takiej sytuacji podatnik może zaliczyć do kosztów kwalifikowanych odpis amortyzacyjny w pełnej wysokości. Z ostrożności należałoby przyjąć, że podatnik uprawniony jest jedynie do częściowego zaliczenia odpisu amortyzacyjnego do kosztów kwalifikowanych tj. proporcjonalnie do zakresu wykorzystywania środka trwałego w działalności badawczo-rozwojowej. W praktyce określenie proporcjonalnego stosunku zużycia środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych może być jednak bardzo trudne.

Wysokość odliczenia uzależniona jest od statusu podatnika. W przypadku mikro przedsiębiorców oraz małych i średnich przedsiębiorców wynosi 20% odpisu amortyzacyjnego. W przypadku pozostałych podatników 10%.