Obowiązująca od 1 stycznia 2016 roku ulga na działalność badawczo-rozwojową przewiduje możliwość dokonania dodatkowego odliczenia od podstawy opodatkowania od 10% do 30% tzw. kosztów kwalifikowanych (kosztów poniesionych na działalność B+R). Katalog kosztów kwalifikowanych został szczegółowo określony w ustawie.

Do pierwszej kategorii kosztów zaliczone zostały wynagrodzenia pracowników zatrudnionych w celu realizacji działalności badawczo-rozwojowej oraz odpowiadające im składki na ubezpieczenia społeczne w części finansowanej przez płatnika składek. Redakcja przepisu wskazuje, że dotyczy to nie tylko wynagrodzeń zasadniczych, lecz również wszelkich dodatkowych należności związanych ze świadczeniem pracy m.in. wynagrodzeń za godziny nadliczbowe czy też za czas niezdolności do pracy. Oprócz wynagrodzeń pracowniczych koszty kwalifikowane obejmują również wynagrodzenia z tzw. stosunków pokrewnych czyli stosunku służbowego, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy. Do kosztów kwalifikowanych nie można zatem zaliczyć kosztów wynagrodzeń osób zatrudnionych przy działalności badawczo-rozwojowej na podstawie innych umów np. wynagrodzeń wypłacanych na podstawie umowy o dzieło.

W praktyce może pojawić się jednak problem jeżeli pracownik oprócz prac badawczo-rozwojowych będzie wykonywał zupełnie inne niezwiązane z tą działalności obowiązki. Przykładowo, gdy pracownik będzie przeznaczał zgodnie z zakresem swoich obowiązków tylko część czasu pracy na działalność badawczo-rozwojową. W takim przypadku jedynie ta część wynagrodzenia będzie stanowiła koszt kwalifikowany. Należy zatem zwrócić szczególną uwagę na konieczność prowadzenia ewidencji czasu pracy pracowników zatrudnionych jedynie częściowo przy działalności badawczo-rozwojowej.

Wysokość odliczenia w przypadku tej kategorii wynosi 30% poniesionych kosztów.